La rhizofiltration s'applique au traitement des eaux de surface, souterraines ou usées contaminées par des substances toxiques ou des éléments nutritifs en excès.
Le processus implique l'absorption ou l'adsorption des contaminants par les racines des plantes. Les polluants peuvent être soit absorbés à l'intérieur des racines, soit adsorbés à leur surface.
Cette technique est particulièrement efficace pour l'extraction des métaux lourds dans les milieux aquatiques.
Les plantes utilisées doivent avoir un système racinaire étendu et à croissance rapide pour maximiser la surface de contact avec les contaminants. Une fois les racines saturées de contaminants, elles sont récoltées et traitées de manière appropriée.
La rhizofiltration peut être mise en œuvre in situ dans des milieux humides naturels ou artificiels, ou ex situ dans des systèmes contrôlés comme des serres.