La différence entre un affluent et un sous-affluent tient à leur position dans le réseau hydrographique. En effet, l'affluent désigne un cours d’eau qui se jette directement dans un autre cours d’eau plus important (comme une rivière ou un fleuve) ou dans un lac. Par exemple, la Moselle est un affluent du Rhin. Tandis que le sous-affluent se jette dans un affluent, et non directement dans le cours d’eau principal. Autrement dit, c’est l’affluent d’un affluent. Par exemple, la Sarre se jette dans la Moselle (affluent du Rhin) et est donc un sous-affluent du Rhin.
Ainsi, un affluent alimente directement le cours d’eau principal, alors qu’un sous-affluent l’alimente indirectement via un autre affluent.
Pour déterminer le cours d’eau principal à un confluent, on utilise généralement plusieurs critères, dont le plus courant est le débit moyen interannuel : le cours d’eau qui a le débit le plus important est souvent considéré comme principal et conserve son nom après la confluence. Cependant, ce critère n’est pas absolu et d’autres éléments peuvent entrer en jeu, comme la longueur du cours d’eau avant la confluence, la taille de son bassin versant, la distance de sa source à la mer, la largeur ou la profondeur au point de rencontre, ou encore l’angle d’arrivée des deux cours d’eau.
Parfois, des raisons historiques ou toponymiques l’emportent, et c’est le cours d’eau dont le nom est le plus ancien ou le plus connu qui est retenu, même si ce n’est pas le plus puissant. Il arrive aussi que le cours d’eau issu de la confluence prenne un nouveau nom.
Les critères historiques pour nommer un affluent sont étroitement liés à l’histoire locale, aux usages anciens et à l’évolution des langues. Souvent, le nom d’un cours d’eau a été conservé depuis des temps très anciens, parfois même avant l’arrivée des Celtes ou des Romains, et il reflète les langues disparues ou les légendes locales. Les populations riveraines ont parfois choisi de conserver le nom le plus ancien, le plus connu ou celui qui était le plus utilisé dans la région, indépendamment des critères physiques comme le débit ou la longueur. Il arrive aussi que le nom d’un cours d’eau soit déterminé par la notoriété historique, la tradition orale ou la facilité de communication, la vallée étant un axe de passage important. Ainsi, les noms des affluents et des cours d’eau principaux sont le résultat d’un mélange complexe de critères linguistiques, culturels, géographiques et historiques, où l’ancienneté et l’usage local jouent un rôle déterminant.