Impact sur la qualité de l'eau :
L'utilisation excessive d'engrais (notamment azotés et phosphorés) et de pesticides entraîne une contamination des eaux de surface et souterraines. Les nitrates, phosphates et résidus de pesticides se retrouvent dans les cours d'eau et les nappes phréatiques.
Selon des données françaises, 31% des masses d'eau souterraine sont de qualité médiocre, principalement à cause des nitrates (59% des cas) et des pesticides (73% des cas).
Cette pollution diffuse d'origine agricole menace la potabilité de l'eau et perturbe les écosystèmes aquatiques (eutrophisation, zones mortes).
Impact sur la quantité d'eau :
L'irrigation intensive pour des cultures gourmandes en intrants peut conduire à une surexploitation des ressources en eau.
Plus les objectifs de rendement sont élevés, plus les agriculteurs ont tendance à intensifier l'irrigation et l'usage d'intrants, augmentant la pression sur la ressource.