Les seuils en rivière ont des impacts variés sur la biodiversité des cours d'eau, bien que leur influence soit moins importante que d'autres facteurs environnementaux :
Premièrement, les seuils créent des obstacles qui peuvent fragmenter les habitats aquatiques, limitant les déplacements des espèces piscicoles et réduisant le brassage génétique entre les populations. Cette fragmentation peut contribuer à l'érosion de la biodiversité à long terme.
De plus, ces ouvrages perturbent également la continuité écologique en bloquant ou ralentissant les migrations des poissons, ce qui peut affecter leur cycle de vie et leur reproduction. Certaines espèces migratrices, comme le saumon ou l'anguille, sont particulièrement touchées par ces obstacles.
Aussi, les seuils modifient l'hydromorphologie des cours d'eau. Cela transforme des zones d'eau courante en plans d'eau stagnante. Ce changement peut favoriser certaines espèces adaptées aux eaux calmes au détriment d'autres, modifiant ainsi la composition des communautés aquatiques.
Enfin, le blocage des sédiments en amont des seuils peut entraîner des modifications des habitats en aval, affectant les espèces qui dépendent de certains types de substrats pour leur reproduction ou leur alimentation.