La loi prévoit un plafond pour la taxe GEMAPI fixé à 40€ par habitant. Ce plafond est calculé sur la population légale de la collectivité, et non sur le nombre de foyers fiscaux. Le calcul de la taxe GEMAPI est effectué par les collectivités locales en fonction du montant global attendu du produit de cette taxe, qui doit permettre la réalisation des actions relevant de la compétence GEMAPI.
La taxe GEMAPI est payée par les contribuables assujettis aux taxes foncières sur les propriétés bâties et non bâties, à la taxe d'habitation et à la cotisation foncière des entreprises. Elle est intégrée à ces taxes locales sous forme de taux additionnels, calculés par les services fiscaux en fonction du produit appelé et du poids de chacune des taxes dans le total du produit fiscal du bloc local.
Dans le cadre d'une location immobilière, la taxe GEMAPI n'est pas récupérable par le propriétaire auprès du locataire pour les logements d'habitation. Le gouvernement n'envisage pas de permettre cette récupération, contrairement à ce qui existe pour la taxe d'enlèvement des ordures ménagères.
Les organismes HLM, les sociétés d'économie mixte et leurs locataires bénéficient d'une exonération de la taxe GEMAPI. Cette exonération est basée sur le statut du logement et de son occupant.
Les communes ou EPCI ayant la compétence GEMAPI peuvent choisir de l'instaurer mais n'y sont pas contraints. Elle fait partie des outils de financement optionnels aux côtés du budget général ou de la redevance pour service rendu.
Seule la compétence GEMAPI est obligatoire pour les EPCI depuis 2018, mais son financement via cette taxe reste optionnel.