Les obstacles comme les barrages et les seuils fragmentent les habitats aquatiques, empêchant les poissons et autres organismes de migrer librement pour se reproduire, s'alimenter et s'abriter. Cela réduit les échanges génétiques et peut conduire à la disparition de certaines espèces, notamment les poissons migrateurs comme le saumon et l'anguille européenne.
La fragmentation des cours d'eau entraîne une perte de biodiversité. Les espèces aquatiques sont isolées, ce qui peut provoquer une dégradation génétique et une diminution de la résilience des populations face aux changements environnementaux.
Les barrages et autres obstacles modifient les régimes d'écoulement et de sédimentation, perturbant les processus écologiques naturels. Cela peut entraîner une érosion accrue en aval, une modification de la morphologie des cours d'eau, et une réduction de la qualité de l'eau.
Les retenues d'eau créées par les barrages augmentent la température de l'eau, favorisant l'eutrophisation et la prolifération d'espèces invasives. Cela peut nuire aux espèces sensibles aux variations de température et réduire la qualité de l'eau.
Les obstacles perturbent la capacité naturelle des cours d'eau à se purifier, augmentant la concentration de polluants et de matières organiques. Cela affecte la qualité de l'eau et la santé des écosystèmes aquatiques.